2016년 7월 국세청에서는 민간투자사업으로 운영 중인 하수처리시설을 김포시가 민간투자사업자에게 시설물을 기부채납 받고 부동산 임대용역을 제공한 것으로 보아 부가가치세 9억 5천만 원을 부과했다.
김포시에서는 국세청의 과세부과가 부당함을 조기에 판단하고 이의신청 절차를 거처 과세심사를 의뢰 하는 등 적극적으로 대응 했으며, 그 결과 지난 11월 8일 감사원에서 김포시의 심사청구가 인용 된 것이다.
당시 시에서는 과세심사 과정에서 민간투자사업자에게 받은 부동산에 대한 임대수익이 없고, 하수도시설 민간투자사업의 특성상 자산수증이익이 없어 부가가치세 대상이 아님을 논리 있게 주장한 것이 감사원 심사에 받아 들여진 것으로 분석하고 있다.
이로써, 김포시는 국세청의 부당과세 9억5천만원과 이자를 환급 받게 되었으며, 향후 과세심사 결과는 하수도시설을 민간투자사업으로 운영 하고 있는 전국 시·군에 영향을 줄 것으로 보인다.
